
Ayahnya, Habib Husein bin Muhammad bin Husein bin Abdullah bin Husein bin Muhammad bin Shaikh bin Muhammad Shihab (lahir sekitar 1920) adalah salah seorang pendiri Gerakan Pandu Arab Indonesia yang didirikan bersama teman-temannya pada tahun 1937. Pandu Arab Indonesia adalah sebuah perkumpulan kepanduan yang didirikan oleh orang Indonesia berketurunan Arab yang berada di Jakarta, yang selanjutnya berganti nama menjadi Pandu Islam Indonesia (PII).
Ayahnya wafat pada tahun 1966 saat Rizieq berusia 11 bulan, sehingga sejak saat itu ia hanya diasuh oleh ibunya, Syarifah Sidah, dan tidak dididik di pesantren. Baru setelah berusia empat tahun ia mulai rajin mengaji di masjid-masjid dekat rumahnya. Sebagai orang tua tunggal, ibunya yang bekerja sebagai penjahit pakaian dan perias pengantin juga sangat memperhatikan pendidikan Rizieq serta membimbingnya dengan pendidikan agama.
Rizieq adalah seorang Habib atau Sayyid dengan klan Shihab (merujuk pada Shihabuddin Aal bin Syech) yang silsilahnya dapat ditelusuri sampai kepada Sayyidina Ali bin Abi Thalib melalui Imam Ahmad al-Muhajir. Sementara itu, istrinya yang bernama Syarifah Fadhlun juga merupakan keluarga Sayyid dari klan Aal bin Yahya.
Habib Rizieq Shihab menikah pada tanggal 11 September 1987 dengan Syarifah Fadhlun bin Yahya. Dari pernikahannya tersebut Habib Rizieq dikaruniai seorang putra dan enam putri: Rufaidah Shihab, Humaira Shihab, Zulfa Shihab, Najwa binti Rizieq Shihab, Mumtaz Shihab, Fairuz Shihab, dan Zahra Shihab. Pada tanggal 19 Maret 2009, Habib Rizieq dinobatkan oleh Sultan Sulu sebagai Mufti Agung Kesultanan Sulu Darul Islam dengan gelar Datu Paduka Maulana Syar'i Sulu disingkat DPMSS.