
Ali Mochtar Ngabalin menikah dengan seorang perempuan bernama Henny Muis Bakkidu dan telah dikaruniai empat orang anak. Ia menyelesaikan pendidikan pasca sarjananya pada bidang Ilmu Komunikasi di Universitas Indonesia (UI) Depok. Sedangkan gelar doktor ia dapatkan dari Universitas Negeri Jakarta pada 18 Maret 2013. Selain sebagai politisi, Ali Mochtar juga adalah seorang mubaligh dan pimpinan pondok pesantren serta aktif sebagai dosen luar biasa di sebuah institut agama Islam. Disamping itu, ia juga menjabat Ketua DPP Persaudaraan Pekerja Muslim Indonesia (PPMI) serta menjabat direktur eksekutif di sejumlah lembaga nirlaba.